Надуксусная кислота — сильное и удобное дезинфицирующее средство из-за высокого окислительного потенциала. Она эффективна против широкой гаммы микроорганизмов и не дезактивизируется ферментами каталазой и пероксидазой, дезактивирующими пероксид водорода. Она также легко разрушается в пище в безопасные остатки(уксусная кислота и пероксид водорода). Она может быть использована в широком интервале температур (0-40 °C), и широком значении рН (3.0-7.5), для мытья в жесткой воде.
Основное применение надуксусной кислоты в промышленности — синтез эпоксидов. В этом процессе происходит перенос атома кислорода на двойную связь, например, этилен или пропилен образуют эпоксиды или спирты. Он может быть также использован при получении глицерина из пропилена. И используется в производстве нейлона.
Надуксусная кислота может использоваться как отбеливающее средство, особенно для пульпы при производстве бумаги. Она используется в слабокислой среде и при относительно низкой температуре. Она достаточно активна и как селективный отбеливающий агент и очень часто используется как альтернатива диоксиду хлора или хлору в полностью бесхлорном отбеливании. Но это, однако, более дорого, и возникает вопрос хранения из-за её неустойчивости и химической активности. Это ограничивает её применение.